No estoy familiarizado con esa herramienta, por lo que no tengo una respuesta para su pregunta específica. Pero aquí hay dos consejos:

1) hay muchos simuladores arduino que puede usar para realizar un solo paso a través del código.

2) El Arduino es lo suficientemente pequeño y simple como para que pueda realizar ingeniería inversa utilizando solo el (des) ensamblaje y su cerebro. (A diferencia del x86, que tiene cientos de formas de complicarle la vida). Sí, lleva tiempo, pero cuanto más lo haga, más rápido se volverá.

Simplemente comience a explorar la lista. Trate de encontrar subrutinas pequeñas e independientes. Averigüe cómo se ven sus entradas y salidas. Adivina cuál es su función. ("LED parpadeante", "rutina de suma de comprobación", "bit-bang un bus I2C adicional", "comprobar si hay presión de botón") Pronto, se convertirá en una bola de nieve, y las rutinas de nivel superior serán más fáciles de entender porque sabes qué los que hacen. A veces llegará al límite de su conocimiento, pero puede hacer conjeturas fundamentadas basándose en lo que sabe que hace el software. (es decir, "esto debe estar donde hace una transformación de Fourier")